杨跃东

教授、博士导师

研究方向:

杨跃东, 中山大学计算机学院教授、国家超算广州中心总工程师, 国家级青年人才。毕业于中国科学技术大学获得学士和博士学位,此后于美国印地安那大学和澳大利亚格里菲斯大学先后担任博士后、研究助理教授、及研究员。主持基金委重大专项课题、国家重点研发课题等。已发表200多篇论文,包括通讯作者论文Nature Machine Intelligence(2篇)/Nat Comp Sci/Chem/Nat Comm(5篇),以及人工智能顶会ICML/CVPR/AAAI/IJCAI等,谷歌学术总引用超1.3万次,被Alphafold等诺贝尔奖获得者论文引用和正面评价,所开发算法被多家公司用于药物管线研发。近三年连续入选年度全球前2%最有影响力科学家,获广东省科技进步特等奖、中国电子学会科技进步一等奖、Cell出版社2021中国年度论文、2021年世界人工智能大会青年优秀论文奖等,入选2022年首届中国智能计算科技创新人物(麻省理工评论)。担任Comm Biol和BMC Bioinfo杂志编委。主要研究面向数字细胞建模,研究融合超算和智算的多尺度生物信息计算方法,开发基于超算的一站式生物医药高性能计算平台。

1.    Zheng S, Y Li, S Chen, J Xu* and Yuedong Yang* . Predicting Drug Protein Interaction using Quasi-Visual Question Answering System. Nature Machine Intelligence 2020;2:134-140. (2021年世界人工智能大会青年优秀论文奖).
2.    Zheng S, Tan Y, Wang Z, Li C, Zhang Z, Sang X, Chen H, Yuedong Yang* . Accelerated rational PROTAC design via deep learning and molecular simulations. Nature Machine Intelligence 2022;4:739–748. (49天即完成PROTAC药物设计和实验验证)
3.    Y Zeng, M Luo, N Shangguan, P Shi, J Feng, J Xu, K Chen, Y Lu, W Yu, and Yuedong Yang*. Deciphering Cell Types by Integrating scATAC-seq Data with Genome Sequences. Nature Computational Science 2024;4:285–298. (基因序列引导的单细胞数据挖掘)
4.    Y Zeng, J Xie, N Shangguan, Z Wei, W Li, Y Su, S Yang, C Zhang, J Zhang, N Fang, H Zhang, Y Lu, H Zhao*, J Fan*, W Yu*, Yuedong Yang*. CellFM: a large-scale foundation model pre-trained on transcriptomics of 100 million human cells. Nature Communications 2025;16,4679. (基于华为昇腾芯片训练1亿人类细胞的8亿参数的单细胞大模型,当前该类最大模型)
5.    J Rao, J Xie, Q Yuan, D Liu, Z Wang, Y Lu*, S Zheng*, Yuedong Yang*. A Variational Expectation-Maximization Framework for Balanced Multi-scale Learning of Protein and Drug Interactions. Nature Comm 2024;15,4476.  (基于Expectation-Maximization实现多尺度生物信息融合)